Durante as últimas décadas, uma erosão da Biodiversidade foi observada. A maioria dos biólogos acredita que uma extinção em massa está a caminho. Apesar de divididos a respeito dos números, muitos cientistas acreditam que a taxa de perda de espécies é maior agora do que em qualquer outra época da história da Terra.

Alguns estudos mostram que cerca de 12,5% das espécies de plantas conhecidas estão sob ameaça de extinção. Alguns dizem que cerca de 20% de todas as espécies viventes poderiam desaparecer em 30 anos. Quase todos dizem que as perdas são devido às actividades humanas, em particular a destruição dos hábitats de plantas e animais.

Alguns justificam a situação não tanto pelo sobreuso das espécies ou pela degradação do ecossistema quanto pela conversão deles em ecossistemas muito padronizados. (ex.: monocultura seguida de desmatamento). Antes de 1992, outros mostraram que nenhum direito de propriedade ou nenhuma regulamentação de acesso aos recursos necessariamente leva à sua diminuição (os custos de degradação têm que ser apoiados pela comunidade).

Entre os dissidentes, alguns argumentam que não há dados suficientes para apoiar a visão de extinção em massa, e dizem que extrapolações abusivas são responsáveis pela destruição global de florestas tropicais, recifes de corais, mangues e outros hábitats ricos.

A domesticação de animais e plantas em larga escala é um factor histórico de degradação da biodiversidade, gerando a selecção artificial de espécies, onde alguns seres vivos são seleccionados e protegidos pelo homem em detrimento de outros.